El recién ordenado padre Amaro, un joven de solo 24 años, es enviado por el obispo, con la intención de foguearlo para luego llevarlo a estudiar a Roma, a una pequeña parroquia en el pueblo de Los Reyes, como auxiliar del padre Benito  en sus menesteres diarios. La corrupción de los gobernantes locales y del padre Benito, además del atractivo de la joven Amelia crea una situación difícil para el joven religioso.

 Por otro lado, este mantiene una fluida comunicación con el obispo, que lo usa para imponer sus designios. En efecto, el padre Amaro es destinado a la parroquia de Aldama, México. Al llegar es recibido por el padre Benito, quien mantiene una relación de larga data con la Sanjuanera , que es la encargada de la fonda cercana a la iglesia, así como de las tareas domésticas de la casa parroquial.

El padre Amaro poco a poco descubre los secretos del lugar, así como el lavado de dinero por parte de un líder narco, que es usado por la Iglesia para construir un hospital, la persecución a un cura tercermundista que convive con los campesinos el padre Natalio , entre otras cosas, además del romance del padre Benito.

Amelia se enamora del padre Amaro e intenta estar con él, que termina cediendo a sus requerimientos. Es así que, con el tiempo, a través de un ardid del cura, comienzan una relación en secreto en un pequeño cuarto en la casa del sacristán, quien tiene una hija con trastornos motrices severos, a la que Amelia le imparte clases de catecismo, mientras hacen creer que tomará los hábitos, siendo preparada por el joven sacerdote.

Esta película mexicana del año 2002 fue basada en la novela homónima del escritor portugués Eça de Queirós, escrita en 1875. Antes de su exhibición pública en México se desató una controversia debido a que algunos grupos católicos intentaron prohibir la película.

 El crimen del padre Amaro rompió la marca de películas mexicanas en las taquillas de Estados Unidos, anteriormente en poder de Y tu mamá también (2001), también protagonizada por Gael García Bernal.